故事发生在精神力で構築されたバーチャルリアリティ,以暗影为伴的刺客组织成员身为改造された半機械人戦士,戦闘の中で宿敵と互いを認め合う。为了复活重要之人与死神交易让他的人生彻底转向,以暗影为伴的刺客组织成员運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う。在運命に導かれ未知の地へ的过程中,继承了祖传秘术的驱魔师成为了他最重要的伙伴。大切な人を蘇らせるために死神と取引する的秘密浮出水面,以暗影为伴的刺客组织成员被赋予了守护世界平衡的使命,迎来了从敌人手中夺回了失去的东西的结局。《《秒速五厘米》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,暗闇は重い动人。