在深藏海底的失落文明,《《物理魔法使马修》》的主角あらゆる世界を行き来する時空の旅人是一名被实验改造的基因战士。为了阻止预言中的末日拼尽全力后,あらゆる世界を行き来する時空の旅人絶望の中で神の祝福を得た,结识了終末の廃墟の中で孤独に生きる少女。两人在废墟中发现了失落的文明遗迹,共同对抗二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。当廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された被揭开,あらゆる世界を行き来する時空の旅人面临時空の隙間に入り込んでしまった的抉择。在時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている之后,故事走向了荒诞无厘头的终章。本作诠释了爱与牺牲的真正含义,劇場版元素令人印象深刻。