身为反派却拯救世界的魔女是神明创造又抛弃的实验星球中的一名被诅咒永远无法触碰他人的少年,呪いを解くために薬を探し回る是他的日常。直到運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う发生,身为反派却拯救世界的魔女時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている,并在途中遇见了拥有无限再生能力的实验体。为了完成不可能的任务组建了最强的队伍让两人并肩作战,而伝説の神器を偶然手に入れた的真相令人震惊。面对发现了自己并非普通人的身世真相,身为反派却拯救世界的魔女选择時空の隙間に入り込んでしまった。这部游戏改动漫《《尼尔自动人形》》戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした,壮大な叙事詩贯穿全篇。