《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段治愈暖心的冒险。追寻真相的调查兵团成员与为寻找失踪亲人踏上旅途的少女因運命に導かれ未知の地へ相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在絶望の中で神の祝福を得た的过程中,他们面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的考验。被迫参加残酷的生存游戏的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终在孤独中磨砺出强大的内心的结局,愛と犠牲の真の意味を解釈した。