《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法与科技并存的大陆中一段压抑致郁的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与被流放到边境的堕落天使因被卷入了一场神明之间的赌局相遇,随后为了守护笑容而成为英雄。在被同伴背叛坠入了深渊的过程中,他们面临在绝境中爆发了隐藏的潜能的考验。在与强敌的决战中浴火重生的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须为了守护家园挺身而出。最终在孤独中磨砺出强大的内心的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。