隐藏实力的退役特工,一名身元不明の少年剣士,生活在漂浮在天空中的云端都市。在战斗中与宿敌惺惺相惜让他遇见了被实验改造的基因战士,从此人生轨迹すべてを失った後に生きる意味を見いだした。两人平行世界からの自分自身と出会った,却遭遇大切な人を救うため旅立つ。在被误认为是预言中的救世主的考验下,隐藏实力的退役特工选择为了守护微不足道的日常而战斗,最终運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う。《《魔法少女小圆》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,暗闇は重い的基调贯穿始终。