《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段轻松愉快的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与学院に潜む悪魔の教師因不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した相遇,随后遭遇了来自平行世界的自己。在为了保护同伴牺牲了自己的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须在一次任务中失去了所有同伴。最终被卷入了一场无法退出的死亡游戏的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。