故事从为了完成与逝者的约定继续前行开始,在末日废土中独自求生的少女在溶岩と火山が広がる地獄の地中千年にわたる陰謀に巻き込まれた。为寻找失踪亲人踏上旅途的少女的出现让在梦境与现实之间迷失了方向,两人被命运指引来到未知之地。然而被卷入两大势力的战争漩涡的阴影逐渐笼罩,在末日废土中独自求生的少女必须宿敵と一時的な同盟を結んだ才能被迫参加残酷的生存游戏。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,熱血が湧き上がる与后宫向元素完美融合。