《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了蒸気と魔法が交錯する工業時代中一段暖到心底的冒险。能与动物心灵相通的少年与影を伴う刺客組織のメンバー因不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した相遇,随后予言された救世主と誤解される。在自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的过程中,他们面临平凡な日常から異世界冒険へと落ちる的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,能与动物心灵相通的少年必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。