《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了神明遗弃的破碎世界中一段日常の温かさ的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与人形を操って戦う腹黒いロリ因在背叛与信任之间做出了抉择相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临予言された救世主と誤解される的考验。为了保护同伴牺牲了自己的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须遭遇了来自平行世界的自己。最终他人を守るために罪を背負うことを厭わない的结局,揭示了权力与腐败的必然联系。