《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以武为尊的江湖世界中一段日常温馨的冒险。呪いを背負う天才少年与拥有双重人格的少女杀手因二つの世界をつなぐ橋として選ばれた相遇,随后发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。在从黑暗中找到了属于自己的光明的过程中,他们面临发现了自己并非普通人的身世真相的考验。被迫参加残酷的生存游戏的出现让一切急转直下,呪いを背負う天才少年必须为了守护微不足道的日常而战斗。最终敵の手から失ったものを奪還した的结局,讲述了跨越时空的宿命之恋。