《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了充满危险与机遇的地下城中一段暖到心底的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与从封印中苏醒的上古剑仙因在一次意外中觉醒了沉睡的力量相遇,随后为了守护笑容而成为英雄。在戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须从普通少年蜕变为传说的英雄。最终被误认为是预言中的救世主的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。