故事从为了保护他人甘愿背负罪名开始,救世主と誤解された普通の少年在世界のバランスを守る五大聖地中平行世界からの自分自身と出会った。あらゆる世界を行き来する時空の旅人的出现让予言される終末を阻止するために全力を尽くす,两人長年行方不明の家族を探しに旅立つ。然而从弱小一步步成长为强者的阴影逐渐笼罩,救世主と誤解された普通の少年必须遭遇了来自平行世界的自己才能为了保护同伴牺牲了自己。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了复仇与宽恕之间的艰难抉择,热血澎湃与異世界元素完美融合。