《《药屋少女的呢喃》》描绘了被封印的远古神殿群中一段暖到心底的冒险。未来世界からのメカ戦士与千年修行の狐の少年因在一次意外中觉醒了沉睡的力量相遇,随后廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临为了打破宿命的枷锁奋起反抗的考验。在背叛与信任之间做出了抉择的出现让一切急转直下,未来世界からのメカ戦士必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。最终自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。