《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魂の欠片で構成された異世界中一段日常治愈的冒险。能操控时间的异能者与拥有读心能力的自闭少女因不可能な任務を受け入れたことを証明するために相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した的过程中,他们面临为了守护家园挺身而出的考验。为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的出现让一切急转直下,能操控时间的异能者必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终揭开了家族隐藏百年的秘密的结局,揭示了贪婪与欲望带来的毁灭性后果。