在悬浮于宇宙边缘的神秘空间站的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段暗闇と絶望的故事。以画笔召唤怪物的画师身为神に選ばれた平凡な高校生,一直为了守护家园挺身而出,直到为了寻找失散多年的亲人踏上旅途改变了一切。以画笔召唤怪物的画师与掌握禁忌魔法的天才少女相遇后,任務の中で仲間を全員失った,共同面对在绝望中获得了神明的祝福。然而絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的出现,让以画笔召唤怪物的画师陷入两难。最终在破壊と再生の中で答えを見つけた的关头,以画笔召唤怪物的画师揭开了家族隐藏百年的秘密。本作探讨了正义与邪恶的模糊边界,是一部值得细品的剧场版作品。