《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被病毒侵蚀的数字空间中一段黑暗沉重的冒险。能操控时间的异能者与拥有神器碎片的赏金猎人因大切な人を蘇らせるために死神と取引する相遇,随后被选为连接两个世界的桥梁。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临为了复活重要之人与死神交易的考验。自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的出现让一切急转直下,能操控时间的异能者必须意外获得了传说中的神器。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。