《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段美しく詩的な的冒险。被实验改造的基因战士与精通所有武器的战斗大师因被同伴背叛坠入了深渊相遇,随后被命运指引来到未知之地。在時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须仲間を守るために自分を犠牲にした。最终世界が仮想であるという残酷な真実を発見した的结局,讲述了跨越时空的宿命之恋。