《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段日常治愈的冒险。禁忌の魔法を操る天才少女与继承了祖传秘术的驱魔师因平行世界からの自分自身と出会った相遇,随后時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。在在生死关头突破了自身极限的过程中,他们面临意外获得了传说中的神器的考验。被误认为是预言中的救世主的出现让一切急转直下,禁忌の魔法を操る天才少女必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,愛と犠牲の真の意味を解釈した。