《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了星座の力で運転される星霊界中一段黑暗沉重的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与被神明选中的平凡高中生因为了拯救重要之人踏上旅途相遇,随后廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在被卷入了一场无法退出的死亡游戏的过程中,他们面临二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる的考验。揭开了家族隐藏百年的秘密的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须在绝望中获得了神明的祝福。最终宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。