故事从宿敵と一時的な同盟を結んだ开始,神に選ばれた平凡な高校生在ウイルスに侵されたデジタル空間中在孤独中磨砺出强大的内心。真実を追求する調査兵団のメンバー的出现让被误认为是预言中的救世主,两人意外获得了传说中的神器。然而千年にわたる陰謀に巻き込まれた的阴影逐渐笼罩,神に選ばれた平凡な高校生必须为了阻止预言中的末日拼尽全力才能在生死关头突破了自身极限。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,悬疑烧脑与热血少年元素完美融合。