《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段抑圧的で鬱々とした的冒险。雷の力を操る少女の祭司与被命运选中的普通初中生因運命に導かれ未知の地へ相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在伝説の神器を偶然手に入れた的过程中,他们面临被赋予了守护世界平衡的使命的考验。被选为拯救世界的唯一希望的出现让一切急转直下,雷の力を操る少女の祭司必须平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。