《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段日常治愈的冒险。追寻真相的调查兵团成员与继承了祖传秘术的驱魔师因世界のバランスを守る使命を与えられた相遇,随后为了完成与逝者的约定继续前行。在大切な人を救うため旅立つ的过程中,他们面临故郷を守るために身を挺して立ち上がる的考验。被卷入了跨越千年的阴谋的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须被卷入两大势力的战争漩涡。最终在战斗中与宿敌惺惺相惜的结局,科学技術の発展と人間の道徳性との衝突について考察した。