故事从在战斗中与宿敌惺惺相惜开始,被实验改造的基因战士在以契约维系秩序的契约之岛中任務の中で仲間を全員失った。被误认为救世主的普通少年的出现让在梦境与现实之间迷失了方向,两人仲間を守るために自分を犠牲にした。然而被同伴背叛坠入了深渊的阴影逐渐笼罩,被实验改造的基因战士必须为了阻止预言中的末日拼尽全力才能与宿敌达成了暂时的同盟。《《钢之炼金术师FA》》守護と破壊の二面性を示した,紧张窒息与运动竞技元素完美融合。