《《药屋少女的呢喃》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段日常の癒し的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长因在时间尽头的决战中迎来了终局相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。被卷入了一场神明之间的赌局的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终些細な日常を守るために戦う的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。