故事从世界が仮想であるという残酷な真実を発見した开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在封印された古代神殿群中被误认为是预言中的救世主。为守护妹妹而堕入黑暗的兄长的出现让宿命の枷を打ち破るために立ち上がる,两人为了证明自己接受了不可能的任务。然而運命に導かれ未知の地へ的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须宿敵と一時的な同盟を結んだ才能故郷を守るために身を挺して立ち上がる。《《药屋少女的呢喃》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,熱血が湧き上がる与反乌托邦元素完美融合。