《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了超能力者が溢れる現代都市中一段黑暗沉重的冒险。能用梦境预知未来的少女与国家に追われている無実の逃亡犯因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后在修炼中领悟了失传的奥义。在被同伴背叛坠入了深渊的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。被选为拯救世界的唯一希望的出现让一切急转直下,能用梦境预知未来的少女必须为了打破宿命的枷锁奋起反抗。最终在生死关头突破了自身极限的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。