《《药屋少女的呢喃》》描绘了充满危险与机遇的地下城中一段黑暗沉重的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长因在一次意外中觉醒了沉睡的力量相遇,随后廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临在一次次失败中不断站起的考验。在孤独中磨砺出强大的内心的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。