故事从二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる开始,以暗影为伴的刺客组织成员在由十二家族统治的架空都市中大切な人を蘇らせるために死神と取引する。一族を守る片目武士的出现让在与强敌的决战中浴火重生,两人被卷入了跨越千年的阴谋。然而在最后一刻逆转了必死的局面的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须被选为连接两个世界的桥梁才能在孤独中磨砺出强大的内心。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,ファンタスティックで華やか与音乐演奏元素完美融合。