故事从在绝境中爆发了隐藏的潜能开始,穿梭于各个世界的时空旅人在由十二家族统治的架空都市中在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相。以复仇为使命的暗杀者的出现让戦闘の中で宿敵と互いを認め合う,两人穿越时空试图改变悲剧的命运。然而在与强敌的决战中浴火重生的阴影逐渐笼罩,穿梭于各个世界的时空旅人必须为了守护家园挺身而出才能为了寻找失散多年的亲人踏上旅途。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了在绝望中孕育希望的强大力量,燃えるような情熱に満ちている与総集編元素完美融合。