《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段黑暗沉重的冒险。ペンで怪物を召喚する画家与実験で改造された遺伝子戦士因時空を超えて悲劇の運命を変えようとする相遇,随后時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的过程中,他们面临被命运的红线牵引与某人相遇的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,ペンで怪物を召喚する画家必须为了阻止预言中的末日拼尽全力。最终为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的结局,讲述了打破命运枷锁的热血篇章。