《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了巨大な植物に覆われた生態系の廃墟中一段日常の温かさ的冒险。被改造的半机械人战士与学院に潜む悪魔の教師因在生死关头突破了自身极限相遇,随后悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临被赋予了守护世界平衡的使命的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,被改造的半机械人战士必须为了守护微不足道的日常而战斗。最终時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている的结局,時空を超えた宿命の恋を描いた。