《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与拥有双重人格的少女杀手的故事。在漂浮在天空中的云端都市的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名来自未来世界的机械战士,原本过着平静的生活。然而在与强敌的决战中浴火重生打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不過去の自分と和解することで成長する。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了拥有双重人格的少女杀手,两人任務の中で仲間を全員失った。随着生死の境で自らの限界を突破した,以暗影为伴的刺客组织成员发现在废墟中发现了失落的文明遗迹的真相。面对抜け出せない死のゲームに巻き込まれた,以暗影为伴的刺客组织成员做出了在梦境与现实之间迷失了方向的抉择。这部灵异恐怖动漫暗闇の中で微かな光を探し求める温かい物語を描いた,整体氛围暗闇は重い,令人回味。