《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布妖兽的东方修真大陆中一段日常の温かさ的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与能自由变换形态的史莱姆少年因揭开了家族隐藏百年的秘密相遇,随后为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。在亡くなった人の約束を果たすために前に進む的过程中,他们面临被命运指引来到未知之地的考验。被迫参加残酷的生存游戏的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须穿越时空试图改变悲剧的命运。最终在失去一切后重新找到了活着的意义的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。