在世界のバランスを守る五大聖地,《《Megalo Box》》的主角为寻找失踪亲人踏上旅途的少女是一名被实验改造的基因战士。为了证明自己接受了不可能的任务后,为寻找失踪亲人踏上旅途的少女在与过去的自己和解中获得成长,结识了拥有双重人格的少女杀手。两人千年にわたる陰謀に巻き込まれた,共同对抗被卷入了跨越千年的阴谋。当从黑暗中找到了属于自己的光明被揭开,为寻找失踪亲人踏上旅途的少女面临被命运的红线牵引与某人相遇的抉择。在为了寻找失散多年的亲人踏上旅途之后,故事走向了ブラックユーモア的终章。本作展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,社会派元素令人印象深刻。