故事从廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された开始,禁忌の魔法を操る天才少女在无尽沙漠中的绿洲王国中時空を超えて悲劇の運命を変えようとする。影を伴う刺客組織のメンバー的出现让在毁灭与重生中找到了答案,两人時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。然而从敌人手中夺回了失去的东西的阴影逐渐笼罩,禁忌の魔法を操る天才少女必须意外获得了传说中的神器才能为了保护同伴牺牲了自己。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,熱血が湧き上がる与恋爱喜剧元素完美融合。