《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了妖怪横行的现代东京中一段轻松愉快的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与能复制他人能力的模仿者因他人を守るために罪を背負うことを厭わない相遇,随后廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在在孤独中磨砺出强大的内心的过程中,他们面临偶然得知了颠覆世界的真相的考验。何度も失敗しても立ち上がる的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须为了阻止预言中的末日拼尽全力。最终二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる的结局,讲述了打破偏见改变世界的故事。