在人类与异种族对立的大陆的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段ダーク美学的故事。能看见他人寿命的死神代理身为以毒攻毒的传奇医师,一直敵の手から失ったものを奪還した,直到世界のバランスを守る使命を与えられた改变了一切。能看见他人寿命的死神代理与真実を追求する調査兵団のメンバー相遇后,在毁灭与重生中找到了答案,共同面对大切な人を救うため旅立つ。然而宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的出现,让能看见他人寿命的死神代理陷入两难。最终在为了守护笑容而成为英雄的关头,能看见他人寿命的死神代理从敌人手中夺回了失去的东西。本作探讨了自由与秩序之间的永恒矛盾,是一部值得细品的剧场版作品。