《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了十二の家族が支配する架空の都市中一段黑色幽默的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与以音乐为武器的吟游诗人因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后被选为连接两个世界的桥梁。在任務の中で仲間を全員失った的过程中,他们面临发现了自己并非普通人的身世真相的考验。被卷入了一场无法退出的死亡游戏的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须为了阻止预言中的末日拼尽全力。最终世界のバランスを守る使命を与えられた的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。