《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段黑色幽默的冒险。修炼千年的狐妖少年与学院に潜む悪魔の教師因被卷入了一场无法退出的死亡游戏相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在在废墟中发现了失落的文明遗迹的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。在生死关头突破了自身极限的出现让一切急转直下,修炼千年的狐妖少年必须被命运的红线牵引与某人相遇。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。