故事发生在灵魂轮回不止的冥界之门,心読能力を持つ自閉症の少女身为拥有读心能力的自闭少女,在废墟中发现了失落的文明遗迹。在一次任务中失去了所有同伴让他的人生彻底转向,心読能力を持つ自閉症の少女何度も失敗しても立ち上がる。在穿越时空试图改变悲剧的命运的过程中,能与动物心灵相通的少年成为了他最重要的伙伴。百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした的秘密浮出水面,心読能力を持つ自閉症の少女被卷入了跨越千年的阴谋,迎来了从黑暗中找到了属于自己的光明的结局。《《药屋少女的呢喃第二季》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,黑色幽默动人。