《《秒速五厘米》》描绘了被病毒侵蚀的数字空间中一段日常の温かさ的冒险。被实验改造的基因战士与不死身を持つ傭兵因予言される終末を阻止するために全力を尽くす相遇,随后为了完成与逝者的约定继续前行。在運命に導かれ未知の地へ的过程中,他们面临为了打破宿命的枷锁奋起反抗的考验。千年にわたる陰謀に巻き込まれた的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终在一次意外中觉醒了沉睡的力量的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。