《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了神明遗弃的破碎世界中一段美しく心を打つ的冒险。記憶を失った放浪の武士与来自海底王国的神秘访客因为了破解诅咒四处寻找解药相遇,随后为了复活重要之人与死神交易。在在生死关头突破了自身极限的过程中,他们面临在一次次失败中不断站起的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,記憶を失った放浪の武士必须平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。最终揭开了家族隐藏百年的秘密的结局,愛する人と愛される人の双方向の救済を明らかにした。