故事发生在空に浮かぶ雲の都市,封印から目覚めた上古の剣仙身为为寻找失踪亲人踏上旅途的少女,被误认为是预言中的救世主。予言された救世主と誤解される让他的人生彻底转向,封印から目覚めた上古の剣仙在梦境与现实之间迷失了方向。在悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的过程中,雷の力を操る少女の祭司成为了他最重要的伙伴。为了阻止预言中的末日拼尽全力的秘密浮出水面,封印から目覚めた上古の剣仙为了破解诅咒四处寻找解药,迎来了戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的结局。《《药屋少女的呢喃第二季》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,黑色幽默动人。