《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了神明遗弃的破碎世界中一段美しく心を打つ的冒险。被诅咒永远无法触碰他人的少年与身元不明の少年剣士因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后为了保护他人甘愿背负罪名。在在背叛与信任之间做出了抉择的过程中,他们面临发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密的考验。揭开了家族隐藏百年的秘密的出现让一切急转直下,被诅咒永远无法触碰他人的少年必须遭遇了来自平行世界的自己。最终運命に導かれ未知の地へ的结局,揭示了贪婪与欲望带来的毁灭性后果。