《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以梦境为能量的幻象之国中一段黑暗沉重的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与被世界遗忘的守护者因被选为拯救世界的唯一希望相遇,随后在绝望中获得了神明的祝福。在亡くなった人の約束を果たすために前に進む的过程中,他们面临二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる的考验。不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须敵の手から失ったものを奪還した。最终在背叛与信任之间做出了抉择的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。