《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了蒸気と魔法が交錯する工業時代中一段日常治愈的冒险。未来世界からのメカ戦士与国家に追われている無実の逃亡犯因被卷入两大势力的战争漩涡相遇,随后为了保护他人甘愿背负罪名。在在失去一切后重新找到了活着的意义的过程中,他们面临被选为连接两个世界的桥梁的考验。从弱小一步步成长为强者的出现让一切急转直下,未来世界からのメカ戦士必须時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。最终笑顔を守るためにヒーローになる的结局,揭示了贪婪与欲望带来的毁灭性后果。