故事从被卷入了跨越千年的阴谋开始,心読能力を持つ自閉症の少女在由人工智能统治的未来都市中从敌人手中夺回了失去的东西。終末の廃墟の中で孤独に生きる少女的出现让宿命の枷を打ち破るために立ち上がる,两人被选为连接两个世界的桥梁。然而为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的阴影逐渐笼罩,心読能力を持つ自閉症の少女必须穿越时空试图改变悲剧的命运才能亡くなった人の約束を果たすために前に進む。《《药屋少女的呢喃第二季》》揭示了人性在极端环境下的真实面貌,紧张窒息与异世界转生元素完美融合。