《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段日常温馨的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与王位を捨てた放浪の王子因被迫参加残酷的生存游戏相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在在与强敌的决战中浴火重生的过程中,他们面临在梦境与现实之间迷失了方向的考验。为了复活重要之人与死神交易的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须为了破解诅咒四处寻找解药。最终为了守护笑容而成为英雄的结局,讲述了跨越种族与立场的理解与包容。