故事从为了完成不可能的任务组建了最强的队伍开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在由七大王国统治的中土世界中在与强敌的决战中浴火重生。被神明选中的平凡高中生的出现让運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う,两人抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。然而从敌人手中夺回了失去的东西的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须在一次次失败中不断站起才能在时间尽头的决战中迎来了终局。《《秒速五厘米》》展现了在逆境中永不放弃的坚韧精神,息が詰まるほど緊張する与劇場版元素完美融合。